BMM521

Mühendislik Fakültesi \ Biyomedikal Mühendisliği

3

6

Seçmeli

Türkçe

-

Biyomedikal Mühendisliği Bölümü

BMM 521 dersi öğrencilere biyoenformatiğin temel kavramları, yöntemleri ve ileri uygulama alanları hakkında genel bilgi verir. Bu ders kapsamında DNA ve proteinlerin sekans, yapı ve fonksiyon veri tabanları,gelişmiş dizi ve yapı hizalama yöntemleri, protein katlama ve protein yapısı tahmin ve kümeleme yöntemleri konularında bilgiler verilmektedir.

• Introduction to Bioinformatics, A. M. Lesk, Oxford, 2002.
• Understanding Bioinformatics, M. Zvelebil and J. O. Baum, Garland Science, 2008.
• Fundamental Concepts of Bioinformatics, D. E. Krane and M. L. Raymer, Pearson Education, 2003.
• Güncel Makaleler

Bu dersin amaçları biyoenformatiğin temel prensipleri hakkında gerekli bilgileri edindirmek ve bu bilgiyi bu alandaki problemlerin çözümü için kullanma kaabiliyeti kazandırmaktır.

1. Biyoenformatik araçlarla incelenen ve çözülebilen problem türlerinin öğrenilmesi
2. Yapısal benzerliğin ve homolojinin önemini anlaşılması
3. Hizalama algoritmalarının tanınması ve kullanılması;
4. İkincil ve üçüncül yapı tahmini yapılabilmesi;
5. Filogenetik ilişkilerin kurulabilmesi ve yorumlanması
6. Literatür tarama ve sunum teknikleri ile ilgili tecrübe kazanılması

1. Hafta: Biyoenformatiğe Giriş
2. Hafta: Protein Yapı ve Fonksiyonlarının Temelleri
3. Hafta: Biyoenformatik Veritabanları
4. Hafta: Sekans Hizalamanın Tememlleri
5. Hafta: İkili Sekans Hizalamaları
6. Hafta: Çoklu Sekans Hizalamaları
7. Hafta: Moleküler Filogenetik ve Evrim
8. Hafta: Protein Yapı Hizalamaları
9. Hafta: Protein Yapı Hizalamaları
10. Hafta: Kümeleme
11. Hafta: Sistem Biyolojisine Giriş
12. Hafta: Protein Katlanması ve Protein Yapı Modellemesi

• Ara Sınavlar % 40
• Final % 40
• Kısa Sınav % 20