TSD203

Tıp Fakültesi \ Tıp

3

3

Seçmeli

Türkçe

Bu dersin önkoşulu bulunmamaktadır.

Lisans

Proteomiksin bel kemiğini, iki boyutlu jel elektroforezleri ve kütle spektrometreleri oluşturmaktadır. Bu derste proteinlerin temel yapı ve özelliklerinden bahsedilerek giriş yapılacak, -omik teknolojiler ve proteomik kavramları anlatılacak, çeşitli hücre ve dokulardan protein eldesi ve miktar tayininin nasıl yapıldığı, tek boyutlu (SDS-PAGE) ve iki boyutlu (2D PAGE) jel elektroforezleri, nasıl analiz edildiği ve ne gibi bilgiler sağladığı, kütle spektrometresi ile protein kimliklendirmesi ve ileri biyoinformatik analizleri öğretilecektir. Spesifik bir proteinin tayininde kullandığımız Western Blot yöntemi de yine bu ders kapsamında anlatılacak, daha önce anlatılan konular ile bağlantıları kurularak pekiştirilecektir.

1. Temel Proteomik Stratejiler, Özel Duygu Demiralp, İğci Naşit, Peker
Selen, Ayhan Beycan, 2014, Ankara Üniversitesi Yayınevi, ISBN: 978-605-136-148-2, 2014
ntroduction to Proteomics: Principles and Applications. Nawin C. Mishra, Günter Blobel, 2010.
2. Molecular Genetics and Personalized Medicine. D. Hunter Best ? Jeffrey J. Swensen Eds. Springer Science+Business Media, LLC (2012).
3. Molecular Medicine ?Genomics to Personalized Healthcare?. 4th ed. Ronald J Trent (2012).
4. Proteomics: A Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual, Andrew J. Link, Editor: Andrew J. Link
5. Clinical Proteomics: From Diagnosis to Therapy
İlk Yayınlanma Tarihi: 2008
Jennifer E. Van Eyk (Editor), Michael J. Dunn (Editor)

İnsan Genom Projesi’nin tamamlanmasıyla, genetik bilginin tek başına yeterli olamayacağı görülmüş, bu bağlamda genlerin fonksiyonel ürünü olan proteinlerle ilgili çalışmalara ağırlık verilerek “proteomik” (“proteomics”) alanı doğmuştur. Bunun nedeni, proteinlerin hücrenin, dokunun ya da organizmanın dinamik durumu hakkında daha kesin bilgi vermesidir. Proteomik yöntemlerin kullanım alanının büyük kısmını “klinik proteomik” olarak da adlandırılan tıpta kullanım oluşturmaktadır ve klinik proteomik alanındaki çalışmaların da çoğu hastalıklara özgü yeni biyobelirteç tanımlanmasıyla ilgili çalışmalardır. Bunun dışında hedef ilaç geliştirmeden toksikolojiye ve gıda endüstrisine kadar birçok farklı alanda da proteomik yöntemler kullanılmaktadır. Bu dersin amacı, öğrencilere proteinler ve temel proteomiks teknolojileri ile ilgili bilgiler aktarılarak, bu teknolojilerden ve uygulamalardan klinikte hangi alanlarda ve ne şekilde faydalanabileceklerinin öğretilmesidir.

1. Protein temel yapı ve fonksiyonlarını bilir
2. Omik teknoloji kavramını ve Proteomik kavramını bilir.
3. Temel proteomik çalışma basamaklarını bilir.
4. Protein saflaştırması ve protein kromatografi teknikleri ve kullanım alanları ile ilgili bilgi sahibi olur.
5. Hangi doku için hangi protein izolasyon tekniğini kullanması gerektiği bilgisine sahiptir.
6. Protein miktarını tayin etmeyi ve tayin için kullanılacak çeşitli yöntemleri öğrenir.
7. Proteomik analiz yöntemlerini bilir ve hangi koşulda hangi analizin tercih edilmesi gerektiğini öngörebilir.
8. SDS-PAGE ve 2D-PAGE tekniklerinin kullanım amaçlarını bilir.
9. SDS-PAGE ve 2D-PAGE jellerinin nasıl analiz edeceğini öğrenir.
10. Sağlıklı bireyler, tedavi alan bireyler ve hasta bireyler gibi farklı koşullarda karşılaştırmalı proteomik analiz yaparak gruplar arası mevcut protein değişimlerini saptama yöntemlerini öğrenir.
11. İlgilenilen bir hastalıkla ilgili protein biyomarker adaylarının nasıl saptanacağını öğrenir.
12. Kütle spektrometre çeşitlerini ve kullanım amaçlarını bilir.
13. Kütle spektrometresinden elde edilen verileri nasıl kullanacağını ve biyoinformatik analizlerini bilir.
14. Blotting terimini öğrenir, çeşitli blotlama teknikleri hakkında fikir sahibi olur.
15. Western blot tekniğinin kullanım amaçlarını öğrenir.
16. Western blot tekniğini klinikte nasıl kullanabileceğini öğrenir.
17. Western blot sonuçlarını nasıl analiz edebileceği hakkında bilgi sahibi olur.

1. Hafta: Protein Temel Yapı ve Fonksiyonları
2. Hafta: Omik Teknolojiler, Proteomiks'e Giriş
3. Hafta: Proteomiks'te Genel Stratejiler
4. Hafta: Protein saflaştırması; Protein Kromatografi
5. Hafta: Protein Eldesi (izolasyon, ekstraksiyon)
6. Hafta: Protein Miktar Tayini Yöntemleri
7. Hafta: Tek Boyutlu Jel Elektroforezi Uygulamaları (SDS-PAGE)
8. Hafta: İki Boyutlu Jel Elektroforezi Uygulamaları (2D-PAGE)
9. Hafta: Protein Profil Haritalarının Analizleri
10. Hafta: Kütle Spektrometresi Sistemlerine Giriş ve Kütle Spektrometresi Analizleri
11. Hafta: Kütle Spektrometresi Verilerinin Biyoinformatik Analizi ve Protein Kimliklendirilmesi (MASCOT-MATRİX SCİENCE)
12. Hafta: Western Blot Tekniği ve Uygulama Alanları

• Final sınav % 100